W Ruins of Alph (Ruinach Alf) znajdują się cztery małe komnaty z puzzlami, które po rozwiązaniu powodują, że podłoga pod graczem pęka, a ten spada do podziemnego holu. Puzzle te także sprawiają, że Unown pojawia się w podziemnym holu. Każdy zagadka odpowiada konkretnemu zestawowi 26 alfabetycznych form Unown. Aby odblokować wszystkie 26 alfabetyczne formy, należy aktywować wszystkie cztery puzzle. Puzzle można rozwiązywać w dowolnej kolejności. W Pokémon Crystal wyjaśniono, że te puzzle są sygnałami, które przywołują Unown.

W Crystal, Gold i Silver po schwytaniu trzech Unown i porozmawianiu z badaczem poza ruinami, odblokuje on tryb Unown w Pokédexie gracza. W Pokémon HeartGold i SoulSilver pierwsza rozwiązana zagadka spowoduje, że mężczyzna da graczowi Raport Unown. Po uzupełnieniu pierwszych siedmiu stron raportu oraz po schwytaniu 26 alfabetycznych form Unown, formy ! i ? mogą być spotkane w pomieszczeniu przy wejściu.

W Crystal, HeartGold i SoulSilver każda komnata z puzzlami ma na ścianie słowo, które jest wskazówką do odblokowania tajnego pokoju. Po spełnieniu określonego kryterium tajny pokój otwiera się, ukazując kilka przedmiotów. Ponadto, w tych grach rozwiązywanie puzzli ujawnia część historii Unown napisanej na podłodze podziemnego holu. W japońskiej wersji Crystal naukowiec wysnuwa teorię, że nagłe pojawienie się tych wzorów jest związane z nowo wybudowanym Centrum Komunikacji Pokémon i wysyłanymi z niego falami radiowymi.

Poradnik do puzzli

Pierwsza zagadka, Kabuto, jest dostępna bardzo wcześnie w grze. Jaskinia znajduje się bardzo blisko wejścia do Ruins of Alph i tuż nad Centrum Badań.

W Crystal/HG/SS: Aby uzyskać dostęp do ukrytego pokoju, użyj Escape Rope (Lina Ucieczki), a otworzy się dziura w tylnej ścianie, gdy ponownie wejdziesz do jaskini.

Druga zagadka, Aerodactyl, jest dostępna po uzyskaniu HM03 – Surf (Surfowanie). Jaskinia znajduje się na południe od wejścia do Ruin, za małym zbiornikiem wody.

W Crystal/HG/SS: Aby uzyskać dostęp do ukrytego pokoju, pozwól jednemu z twoich Pokemonów użyć HM05 – Flash (Błysk).

Trzecia zagadka, Ho-oh, jest dostępna po uzyskaniu HM03 – Surf (Surfowanie). Musisz przejść przez Union Cave (Jaskinia Więzi), aby dostać się do tego miejsca. Po środku pomiędzy wejściem a wyjściem jest drabinka prowadząca na dół na następne piętro. W następnym pokoju, płyń na wodzie i wyjdź przez otwarcie wysunięte najbardziej na północ. Pokonaj Psychic i wejdź do jaskini.

W Crystal/HG/SS: Aby uzyskać dostęp do ukrytego pokoju, po prostu ponownie wejdź z Ho-oh jako pierwszym Pokemonem w twojej drużynie.

Ostatnia zagadka, Omanyte, jest dostępna po uzyskaniu HM03 – Surf (Surfowanie) i HM04 – Strength (Siła). Podobnie jak trzecia zagadka, musisz przejść przez Union Cave (Jaskinia Więzi). Zamiast wychodzić przez najbardziej na północ otwarcie na drugim piętrze, po pływaniu skieruj się na zachód i użyj Strength na kamieniu, aby przejść dalej i wejść do ostatniej jaskini.

W Crystal/HG/SS: Aby uzyskać dostęp do ukrytego pokoju, po prostu ponownie wejdź z Water Stone (Kamień Wody) w plecaku. W HeartGold i SoulSilver gracz musi wybrać opcję „Użyj” na Kamieniu Wody w swojej torbie, stojąc twarzą do ściany.